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白血病融合基因临床信息汇总

白血病常见的染色体易位一览

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AML常见融合基因改变

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PML-RARα融合基因

绝大多数急性早幼粒细胞白血病(APL) 患者具有涉及17q21上维甲酸受体基因α(RARα)的染色体重排。其中最常见的为t(15;17)(q22;q21),该易位使得17号染色体上的RARα基因与15号染色体上的PML基因发生重排,形成PML-RARα融合基因,成为APL特异的分子标志。PML-RARα融合基因对APL诊断具有高度特异性,也是APL治疗的分子生物学基础。此外,少数APL病人也存在其它罕见的染色体易位,分别形成PLZF-RARα、NPM1-RARα、STAT5b-RARα、PRKAR1A-RARα、MLL- RARα、FIP1L1- RARα、NuMA-RARα和ZBTB16- RARα等融合基因。实时定量PCR检测PML-RARα融合基因可用于APL患者完全缓解(CR)后微小残留病变(MRD)的检测,对监测复发、判断预后和确定停药时机均有重要的意义。

BCR-ABL融合基因

95%的CML和部分Ph+-ALL患者有BCR-ABL融合基因的表达。BCR-ABL融合基因主要有三种类型,即b2a2/b3a2(P210)、e1a2(P190)和e19a2(P230)。CML中主要为b2a2/b3a2型, 而Ph+-ALL中e1a2型多于b2a2/b3a2型。通过定量检测BCR-ABL融合基因的相对表达量可定量测定CML和Ph+-ALL患者的MRD水平,从而判断疗效、预测复发,并进行早期干预。研究表明,CML患者的骨髓和外周血均可用于MRD检测,但部分患者两种标本的检测结果并不一致。

AML1/ETO融合基因

t(8;21)(q22;q22)是AML中最常见的染色体易位之一(约占15%),多见于FAB分型中的M2,易位结果是位于8号染色体上的ETO基因与21号上的AML1基因融合, 形成了位于8号染色体上的AML1-ETO融合基因。≥75%的t(8;21)(q22;q22)患者伴有性染色体丢失及del(9q)等附加染色体异常,通常伴性染色体丢失不影响预后,而伴del(9q)提示预后不良。该类患者治疗缓解率高且中位生存期较长,预后良好。但近年来的研究结果显示大约30%伴有t(8;21)(q22;q22)的患者存在c-KIT基因的突变,这些患者的复发率增高,预后不佳。

CBFβ/MYH11融合基因

inv(16)(p13q22)及t(16;16)(p13;q22)阳性患者约占AML的5%,形态学主要为M4Eo亚型。inv(16)(p13q22)/t(16;16) (p13q22)可形成CBFβ/MYH11融合基因。由于16号染色体较小以及带型的限制,inv(16)(p13q22)难以被常规核型分析所检出。RT-PCR检出CBFβ-MYH11融合基因成为诊断的重要依据。近年来发现部分该类患者存在c-KIT基因的突变,其复发率增高,预后不佳。

MLL基因重排

约8%的儿童AML和3%的成人AML患者可检出累及MLL基因的染色体异常,在婴儿AML和继发性AML患者中发生率更高。该类异常最多见于AML中的M4和M5亚型。目前报道的涉及MLL的染色体易位有104种,已经明确的MLL伙伴基因有64种,常见的有包括编码核转录因子的AF-4(4q21)、AF-9(9p22)、AF-10(10p12)、ENL(19p13)以及编码胞浆蛋白的AF-1P(1p32)、AF-6(6q27)等。MLL的不同伙伴基因也可能提示不同的预后,通常认为占AML患者11q23异常40%的t(9;11)为中危组,而其余的11q23异常则归为高危组。

MLL基因的部分串联重复(MLL-PTD)

大约5%的AML患者可检出MLL基因的PTD,在正常核型或伴有三体11的AML中更为常见。突变导致5号外显子至11号或12号外显子之间的串联复制,但保留了MLL所有的功能性结构域,可能通过表观遗传学修饰使野生型MLL持续失活。有报道采用巢式PCR自部分正常个体的外周血中可检出较低水平的MLL-PTD,其中的原因并非是MLL基因存在基因重组,更可能是异常剪切的结果。大约30-40%伴有MLL-PTD的AML患者可检出FLT3-ITD,而CEBPA和NPM1基因突变较为少见。多项研究显示伴有MLL-PTD的AML患者缓解期短,通常预后不良,可作为独立的预后因素。

TLS/ERG融合基因

t(16;21)(p11;q22)是急性白血病中一种较常见的再现性染色体异常,该易位导致位于16p11的FUS基因和21q22的ERG基因相互易位,形成一个新的融合基因FUS-ERG。主要见于AML,偶见于CML急变、B-ALL和尤文氏肉瘤患者。TLS/ERG融合基因阳性的急性白血病患者通常预后不良。



33种融合基因筛查

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FIP1L1/PDGFRα:4号染色体4q12缺失可形成FIP1L1/PDGFRα融合基因,可见于慢性嗜酸细胞白血病或嗜酸细胞增多症。FIP1L1/PDGFRα融合蛋白也是伊马替尼作用的靶点。伴有FIP1L1/PDGFRα融合基因的患者可用低剂量伊马替尼治疗。CBFB/MYH11:inv(16) (p13q22)/t(16;16) (p13q22)可形成CBFβ/MYH11融合基因,常见于M4EO,伴有CBFB/MYH11融合基因的患者通常预后较好。

E2A/PBX1:t(1;19)(q23;p13)易位形成E2A/PBX1融合基因,见于ALL患者,大多为B系,为ALL患者中主要的染色体易位改变。

SIL/TAL1:为1号染色体内部的串联重复,见于ALL患者,大多为T系,为T-ALL患者中主要的染色体易位改变。

NPM1/ALK:染色体t(2;5)(p23;q35)易位时NPM1(5q35)基因和ALK(2p23)基因融合形成NPM/ALK融合基因。T细胞和null细胞表型的间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)常发生此易位,NPM1/ALK融合基因阳性者预后远好于阴性者,是预后较好的因素。

TEL/AML1:t(12;21)易位,主要见于儿童B-ALL患者。

MLL/ENL:t(11;19)易位,主要见于ALL患者。

MLL/AF4:t(4;11)易位,主要见于ALL患者。

BCR-ABL融合基因的耐药突变检测

甲磺酸-伊马替尼是一种有效的特异性酪氨酸激酶抑制剂, 可竞争性结合于ABL酪氨酸激酶催化部位的ATP结合位点,抑制激酶与ATP结合,造成激酶失活,进而发挥治疗作用。甲磺酸-伊马替尼已在CML和Ph+-ALL患者治疗中取得了良好的疗效。尽管如此,仍有部分患者在治疗早期或治疗过程中出现耐药,其耐药机制可能有多种原因,但ABL激酶区突变是最常见也是最重要的原因,突变位点主要分布于ABL激酶的P-环簇、T315近侧簇、酶触反应簇及A-环簇。P-环簇定位于第248至255位氨基酸,常见突变类型为G250E、Y253F/H、E255K/V和Q252H。T315I近侧簇是甲磺酸-伊马替尼直接结合的区域,突变类型包括T315I和F317L。T315I是第一个被发现也是最常见的BCR-ABL突变类型,不仅对甲磺酸-伊马替尼耐药,也对第二代酪氨酸激酶抑制剂达沙替尼和尼洛替尼耐药。酶触反应簇突变类型包括M351T、E355G和F359V,该区域的突变对甲磺酸-伊马替尼的作用影响不大。A-环簇突变的类型包括L378M、V379I和H396R,可通过蛋白构型改变阻止激酶与甲磺酸-伊马替尼结合。目前认为伴有P-环簇突变、T315I和多位点联合突变的患者对酪氨酸激酶抑制剂的反应最差。